Sur les hauts plateaux boliviens, à plus de 3 800 mètres d’altitude, un crâne momifié attend depuis des décennies dans les réserves du Musée national d’archéologie de La Paz. Ce jeune homme, mort entre 1283 et 1383 selon la datation au carbone 14, n’a jamais quitté l’Altiplano. Mais sa dent, elle, vient de livrer un secret vieux de sept siècles : un échantillon dentaire prélevé sur cet individu naturellement momifié, datant de la période intermédiaire tardive, conservé au Musée national d’archéologie MUNARQ à La Paz, contenait l’ADN d’une bactérie qu’on croyait absente du continent avant Christophe Colomb.
Le résultat, publié dans Nature Communications, rebat les cartes d’une histoire qu’on pensait connue. Pendant des générations, la médecine a considéré la scarlatine comme un cadeau empoisonné venu d’Europe, arrivé dans les cales des navires espagnols avec la variole et la rougeole. Or la scarlatine n’a probablement pas été introduite dans les Amériques par les colons européens, et si l’analyse ADN est correcte, elle circulait déjà parmi les populations indigènes des siècles avant le contact européen, à l’époque précolombienne. Trois siècles avant que Colomb ne pose le pied sur le continent, le streptocoque du groupe A infectait déjà les habitants de l’Altiplano.
À retenir
- Une bactérie identifiée dans une dent momifiée bolivienne suggère que la scarlatine circulait déjà trois siècles avant Christophe Colomb
- Les conditions de vie dans l’Altiplano créaient déjà l’environnement parfait pour la propagation de pathogènes sans contact européen
- Cette découverte ouvre la porte à d’autres révélations cachées dans les collections de momies négligées depuis des décennies
Une dent, un puzzle génétique sans notice
Le plus étonnant, c’est que personne ne cherchait cette bactérie. L’équipe italo-bolivienne, portée par l’Institut de recherche sur les momies d’Eurac Research, menait un projet ambitieux visant à extraire de l’ADN ancien de momies longtemps négligées dans les collections boliviennes. « Nous ne recherchions pas spécifiquement ce pathogène », a expliqué Frank Maixner, directeur de l’institut et coauteur de l’étude. « Lorsque nous menons une analyse génétique de momies, nous abordons le travail l’esprit ouvert, en analysant le matériel génétique humain. De plus, l’ADN des nombreux micro-organismes présents dans les restes humains. » Résultat : au milieu des fragments d’ADN humain, une signature bactérienne s’est détachée du bruit de fond.
Grâce à un séquençage métagénomique en shotgun, les chercheurs ont reconstruit le génome mitochondrial de l’hôte, confirmant son ascendance amérindienne, puis appliqué un assemblage métagénomique de novo pour récupérer des génomes microbiens sans biais de référence, aboutissant à la reconstruction quasi complète d’un génome ancien de S. pyogenes, la plus ancienne occurrence confirmée de ce pathogène dans les Amériques. La méthode a un avantage de taille pour ce genre de fouille moléculaire : elle ne s’appuie sur aucun génome moderne comme modèle de départ. Le microbiologiste Mohamed Sarhan, qui partage la première signature de l’étude avec le biochimiste bolivien Guido Valverde, a comparé l’exercice à « assembler un puzzle sans connaître l’image sur la boîte ». Une image bienvenue, tant l’ADN retrouvé était fragmenté et dégradé par sept siècles passés dans la terre puis dans les réserves d’un musée.
Ce que révèle vraiment cette dent momifiée
Le climat froid et sec de l’Altiplano bolivien a joué un rôle déterminant dans cette découverte. Sans lui, ni la momification naturelle du crâne, ni la conservation de l’ADN bactérien à l’intérieur de la dent n’auraient été possibles. Les analyses isotopiques apportent un complément d’information sur le quotidien de cet homme : son profil isotopique, avec un taux élevé de δ13C et faible de δ15N, indique un régime alimentaire dominé par le maïs et pauvre en protéines de haut niveau trophique, cohérent avec un mode de vie agricole sédentaire, un mode de subsistance associé à une densité de population accrue et une mobilité réduite, des facteurs environnementaux propices à la transmission d’agents pathogènes comme S. pyogenes. vivre entassés autour des champs de maïs à 3 800 mètres d’altitude créait déjà, sept siècles avant l’arrivée des Espagnols, les conditions idéales pour qu’une bactérie de gorge se propage d’un habitant à l’autre.
Reste la question de la parenté génétique. Le génome reconstitué partage un grand nombre de caractéristiques avec les souches actuelles responsables des angines streptococciques classiques, celles qu’on traite aujourd’hui à coups d’antibiotiques en quelques jours. Le génome identifié ressemble le plus aux souches modernes qualifiées de « spécialistes de la gorge », c’est-à-dire celles qui provoquent l’angine streptococcique et la scarlatine plutôt que des affections cutanées comme l’impétigo ou la fasciite nécrosante. Un détail qui n’a rien d’anodin puisqu’il permet aux chercheurs de cibler précisément quel visage prenait la maladie sur l’Altiplano précolombien, plutôt qu’une infection cutanée diffuse. L’analyse évolutive suggère par ailleurs que les principales lignées de S. pyogenes ont divergé il y a environ 5 000 ans, probablement en lien avec une densité croissante d’installations humaines, tandis que la souche bolivienne elle-même se serait détachée du reste de l’arbre généalogique bactérien à une période bien plus reculée encore, potentiellement liée aux toutes premières incursions humaines dans les Andes.
Réécrire l’histoire des maladies américaines
Cette trouvaille dépasse largement le cadre d’une simple curiosité archéologique. Elle rejoint une question de fond en épidémiologie historique : quelles maladies les populations précolombiennes affrontaient-elles réellement, indépendamment de tout contact avec l’Ancien Monde ? On savait déjà que la variole, la rougeole et la grippe avaient dévasté les populations indigènes après 1492, faute d’immunité préexistante. Mais on ignorait que le streptocoque responsable de l’angine et de la scarlatine faisait partie du paysage microbien local depuis bien plus longtemps. Le musée MUNARQ, qui abrite la plus grande collection de restes humains momifiés et de crânes humains de Bolivie, pourrait bien réserver d’autres surprises du même acabit : combien de pathogènes dorment encore, invisibles, dans les dents de ces momies alignées sur des étagères depuis un siècle ?
Sources : sciencesetcivilisations.fr | jhm-blogs.fr